激光共聚焦顯微鏡系統主要包括掃描模塊，激光光源，熒光顯微鏡，數字信號處理器，計算機和圖像輸出裝置。

一、掃描模塊

激光共聚焦顯微鏡中的掃描模塊主要由針孔光闌（控制光學片的厚度），分束器（根據波長改變光傳播方向），熒光分色器（選擇特定波長范圍的光）和檢測器（光電倍增管）組成。

熒光樣品中的混合熒光進入掃描儀，經檢測針孔光闌，分束器和分色器選擇后，將其分為單個單色熒光，分別在不同的熒光通道中檢測并形成相應的共焦圖像。同時，可以在計算機屏幕上顯示幾個平行的單色熒光圖像及其合成圖像。

二、熒光顯微鏡系統

顯微鏡是激光共聚焦顯微鏡的主要組成部分，它與系統的成像質量有關。具有無限遠光學系統的顯微鏡光學路徑便于將光學選項插入其中，而不會影響成像質量和測量精度。

物鏡應為大數值孔徑平場復消色差物鏡，有利于熒光的清晰采集和成像。物鏡組的轉換，濾色器組的選擇，載物臺的運動調節以及焦平面的記憶鎖定應由計算機自動控制。

激光共聚焦顯微鏡中使用的熒光顯微鏡通常與傳統的熒光顯微鏡相同，但它有其特點：需要與掃描儀連接，以便激光可以進入顯微鏡物鏡照亮樣品，樣品發出的熒光到達檢測器;轉換裝置，即汞燈和激光轉換，以及水銀燈線的強度是可調節的。

三、常用激光器

激光共聚焦顯微鏡使用激光源，如單激光和多激光系統。常用的激光器包括半導體激光器、氬離子激光、氦氖激光和紫外激光。

四、輔助設備 

風冷，水冷式冷卻系統和穩壓電源。激光共聚焦顯微鏡的基本工作原理是首先從激光器發射一定波長的激發光。在光被放大之后，通過掃描儀中的照明針孔形成光源，并且物鏡聚焦在樣品的焦平面上。

由相應的照射點發射的熒光被激發，通過檢測孔，到達檢測器，并在計算機監視器屏幕上成像。因此，焦平面上的樣本的每個點的熒光圖像構成稱為光切片的完整共焦圖像。