共聚焦顯微鏡是激光共聚焦顯微鏡的簡稱，它顯微成像主要采用 3D 捕獲的成像技術，使其具有較高的三維圖像分辨率。這 些都是 通過構建顯微照片來實現的。在熒光顯微鏡使用過程中，由于需要高強度紫外光輔助成像，所以顯微鏡 內的汞弧燈產生的強光可能會導致令人不安的背景噪音，甚至會導致光漂白。 激光共聚焦顯微鏡則是通過數碼相機針孔的高強度激光來實現數字成像的技術，有效避免了熒光顯微鏡所產生的問題。

激光共聚焦顯微鏡的成像原理:

激光共聚焦顯微鏡中的圖像是來自一個焦平面的光通過針孔數碼相機聚焦拍攝，從而規避 來自其支點上方或下方的光。固定在設備上的激光連續聚焦在樣品的選定區域，同時，被樣品吸附的熒光染料也會被數碼相機捕捉。共聚焦設備包含兩個旋轉鏡頭用來拍攝組圖。

然后通過所累積的不同焦平面的圖像序列，使用軟件編譯完整的 3d 圖像。此圖像可以在軸向（z 軸）和橫向（x 和 y 軸）平面進行微調。這些細胞和其他矩陣的再現是通過使用雙倒置的光錐照亮物體來實現的。

使用標準落射熒光顯微鏡所存在的問題是當遇到較厚的基質或標本時所表現出的熒光程度較大。大于 2 微米的樣品發出的輻射會危及生成圖像的準確性，從而損失成像的細節。而激光共聚焦顯微鏡則可以通過縮小激發范圍并使用光學切片來消除背景噪聲。