激光掃描聚焦掃描顯微鏡應用廣泛，在生命科學、醫學研究中日益受到重視。

● 原位鑒定細胞或組織里的生物大分子、觀察細胞或亞細胞形態結構

原位檢測核酸；

檢測蛋白質、抗體及其他大分子；

檢測細胞凋亡；

細胞器的觀察和測定（線粒體、溶酶體、內質網和高爾基體）；

檢測細胞融合；

觀測細胞骨架；

檢測細胞間隙連接通訊；

檢測細胞或組織內脂肪；

進行細胞或組織結構的三維重構等。

● 組織形態學觀察

● 活體器官的生理、機理功能研究，如神經生物學、發育生物學

● 微生物、細菌、病毒的開態學觀察和功能研究

● 交叉學課中的高分辨率成像，如藥理研究、材料研究、化工原料等