一、長時程觀察細胞遷移和生長

激光掃描共聚焦顯微鏡光子產生效率已大大改善，與更亮的物鏡和更小光毒性的染料結合后可以減小每次掃描時激光束對細胞的損傷，用于數小時的長時程定時掃描，記錄細胞遷移和生長等細胞生物學現象。

二、三維圖像的重建

傳統(tǒng)的顯微鏡只能形成二維圖像，激光掃描共聚焦顯微鏡通過對同一樣品不同層面的實時掃描成像，進行圖像疊加可構成樣品的三維結構圖像。 它的優(yōu)點是可以對樣品的立體結構分析，能十分靈活、直觀地進行形態(tài)學觀察,并揭示亞細胞結構的空間關系。

三、細胞間通訊的研究

激光掃描共聚焦顯微鏡可通過觀察細胞縫隙連接分子的轉移來測量傳遞細胞調控信息的一些離子、小分子物質。 該技術可以用于研究胚胎發(fā)生、生殖發(fā)育、神經生物學、腫瘤發(fā)生等過程中縫隙連接通訊的基本機制和作用，也可用于鑒別對縫隙連接作用有潛在毒性的化學物質。

四、在眼科研究中的應用

利用激光掃描共聚焦顯微鏡可以觀察晶狀體，角膜、視網膜、虹膜和睫狀體的結構和病理變化。

五、在血液病學和醫(yī)學免疫學研究中的應用

激光掃描共聚焦顯微鏡觀察免疫細胞和系統(tǒng)，如樹突狀細胞、單核-吞噬細胞系統(tǒng)、自然殺傷細胞、淋巴細胞時，在準確細胞定位的同時有效鑒定免疫細胞的性質。

 六、組織和細胞中的定量熒光測定

激光掃描共聚焦顯微鏡可以從固定和熒光染色的標本以單波長、雙波長或多波長模式，對單標記或多標記的細胞及組織標本的共聚焦熒光進行數據采集和定量分析,同時還可以利用沿縱軸上移動標本進行多個光學切片的疊加， 形成組織或細胞中熒光標記結構的總體圖像,以顯示熒光在形態(tài)結構上的精確定位。