1、在生物及醫學研究中的應用

隨著激光共聚焦掃描技術的不斷發展和完善，共聚焦顯微鏡在生物學及醫學相關領域的應用越來越廣泛和深入，已經滲透到分子生物學、基因組學、細胞生物學、病毒學、細菌學、組織生物學、胚胎學、免疫學、病理學、流行病學、皮膚病學、腫瘤等相關分支領域。

通過共聚焦顯微鏡可以直接觀測到細胞形態學的組織、細胞之間的相互作用、細胞的光學老化過程、紫外光對細胞的作用、細胞對G敏和刺激作用的反應、真菌感染、組織微環境、傷口的愈合和組織重建、藥物擴散等現象。共聚焦顯微鏡可很好地補充或替代許多操作繁瑣的實驗技術對植物組織細胞進行觀察。

2、在材料生產檢測領域中的應用

除了在生物及醫學研究領域，共聚焦顯微鏡在陶瓷、金屬、半導體、芯片等材料科學及生產檢測領域中也具有廣泛的應用。例如，鋼的鑄造組織一般比較粗大，可直接用共聚焦顯微鏡進行觀察，同時可以利用其模擬微合金鋼在不同冷卻工藝下的凝固以及奧氏體不銹鋼的敏化過程，原位觀察過程中樣品表面的變化及與D二相析出情況。